Die Organe der OeBFA setzen sich aus Geschäftsführung und Aufsrichtsrat zusammen. Der alleinige Gesellschafter ist die Republik Österreich, vertreten durch den Bundesminister für Finanzen.
Die OeBFA folgt internationalen Best Practice Standards für Treasury Organisationen. Demnach sind die Bereiche Markt und Marktfolge strikt von einander getrennt.
